Le musée est géré par l'association des Amis du Musée d'Eugène (AME), créée en 1999, en hommage à Eugène Aulnette, artiste et figure emblématique du Sel-de-Bretagne, huit années après son décès. L'objectif de l'association est de faire connaître et mettre en valeur les œuvres du sculpteur mais aussi de préserver et promouvoir le patrimoine artistique, culturel et naturel du Sel-de-Bretagne.
L'action de l'association demeure liée aux valeurs d'Eugène, elle gère le fonctionnement en assurant les permanences aux heures d'ouverture du musée, choisit les expositions temporaires (commission culturelle) et met en place des animations ponctuelles.
